Akcja Raju utraconego rozpoczyna się od upadku szatana i jego zwolenników, co może sugerować, iż to właśnie szatan jest bohaterem eposu. Często też Milton nazywany był „nieświadomym satanistą”, ze względu na szczegółową konstrukcję postaci Lucyfera. Koncepcja ta była szczególnie żywa wśród angielskich romantyków[1] (właśnie szatana uznaje się za protoplastę tzw. bohatera bajronicznego).

Utwór podzielony jest na 2 części. Pierwsze sześć ksiąg opowiada głównie o buncie aniołów pod wodzą Szatana, tematem ostatnich sześciu ksiąg są natomiast ludzie (podział podkreślony jest przez ponowne użycie inwokacji w księdze siódmej). Treść zgodna jest zazwyczaj z historią opowiedzianą w biblijnej Genesis, Milton jednak wprowadza do fabuły np. antropomorficzne postacie Grzechu i Śmierci. Epos kończy się wygnaniem pierwszych rodziców z raju. Poeta podkreśla jednak, że Opatrzność nie opuściła ludzi, ale pozostała dla nich przewodnikiem.